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病原微生物檢測(cè) | 納米磁珠助力mNGS

mNGS技術(shù)直接針對(duì)標(biāo)本中核酸無(wú)偏倚檢測(cè)病原微生物序列,提取的核酸及構(gòu)建文庫(kù)的質(zhì)量是mNGS數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的關(guān)鍵要素。

01 兒童不明肝炎重癥率達(dá)到10%


2022年4月以來(lái),世衛(wèi)組織(WHO)5個(gè)區(qū)域的33個(gè)國(guó)家向世衛(wèi)組織報(bào)告了650例病因不明的兒童急性肝炎疑似病例,其中至少38例兒童需要進(jìn)行移植,已向世衛(wèi)組織報(bào)告了9例死亡(媒體公開(kāi)信息報(bào)道)。不斷增長(zhǎng)的不明原因兒童肝炎病例數(shù),時(shí)刻牽動(dòng)著大家的心。目前,病因尚無(wú)定論,但在致病原因調(diào)查中,腺病毒和新冠病毒被認(rèn)為有很大嫌疑。



02 mNGS是不明病原微生物分析重要手段

2022年4月23日WHO發(fā)布了針對(duì)不明原因兒童急性嚴(yán)重肝炎的診斷建議,但并無(wú)具體診斷和治療方案意見(jiàn)。我國(guó)雖然尚無(wú)相關(guān)病例報(bào)告,國(guó)家重大公共衛(wèi)生事件醫(yī)學(xué)中心組織相關(guān)專(zhuān)家,根據(jù)已有的相關(guān)臨床和實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)及新近國(guó)際兒童急性肝衰竭的處置流程或指南,編制了“不明原因兒童嚴(yán)重急性肝炎診斷和治療專(zhuān)家建議”。 經(jīng)普通臨床檢測(cè)仍無(wú)法明確診斷者,需要針對(duì)患者的血液、呼吸道分泌物、糞便、體液、肝穿組織等樣本進(jìn)行病原宏基因組二代測(cè)序(metagenomicnext generation sequencing,mNGS)。

mNGS技術(shù)直接針對(duì)標(biāo)本中核酸無(wú)偏倚檢測(cè)病原微生物序列,提取的核酸及構(gòu)建文庫(kù)的質(zhì)量是mNGS數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的關(guān)鍵要素。mNGS檢測(cè)流程基本包括標(biāo)本采集、核酸提取、文庫(kù)制備、上機(jī)測(cè)序、數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)、報(bào)告生成及結(jié)果解讀等一系列過(guò)程(圖1)。其中,核酸提取、PCR產(chǎn)物純化、片段篩選過(guò)程都可以使用納米磁珠實(shí)現(xiàn)高通量、快速和精準(zhǔn)操作。


圖1.mNGS檢測(cè)流程圖


03 樣本處理是mNGS的關(guān)鍵步驟

mNGS檢測(cè)具有獨(dú)特的性質(zhì):a)可檢測(cè)任意微生物,發(fā)現(xiàn)新的病原微生物; b)客觀檢測(cè),不依賴(lài)假設(shè);c)靈敏度極高,可定量檢測(cè)核酸; d)可檢測(cè)基因組的任一部分。因此,mNGS上機(jī)測(cè)序的核酸樣本非常關(guān)鍵,確保無(wú)外源核酸的污染。


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撰稿人:王艷芝     |    修訂:彭穎靜

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